Năm 2007, chỉ có 271 DNNN (so với kế hoạch là 550 DNNN) được sắp xếp lại, trong đó có 150 doanh nghiệp được cổ phần hóa. Do sự phát triển không thuận lợi của thị trường chứng khoán, nhiều DNNN có kế hoạch cổ phần hóa đã sự xem xét thận trọng và trì hoãn tiến hành IPO để đảm bảo sự thành công của cổ phần hóa. Chính phủ đã không đạt được mục tiêu cổ phần hóa, tuy nhiên với xu hướng suy thoái của thị trường chứng khoán từ đầu năm 2007, sự cổ phần hóa chậm không phải là một trong những vấn đề đáng lo ngại nhất trong tình hình hiện nay.

Trong quá trình gia nhập WTO, quy mô của thương mại quốc doanh từng bước được thu hẹp. Việt Nam không duy trì các doanh nghiệp thương mại quốc doanh (DNTMQD) kinh doanh các sản phẩm như gạo, phân bón, than, điện, xi măng, thép, đá quý, máy in, phim và rượu. Việt Nam chỉ duy trì 14 DNTMQD trong sáu lĩnh vực đóng vai trò quan trọng trong việc đảm bảo sự ổn định của nền kinh tế, thu ngân sách hoặc do nguyên nhân bảo đảm sức khỏe, tập quán và đạo đức xã hội phù hợp với quy định WTO: dầu thô; xăng; máy bay, linh kiện, thiết bị chuyên chở hàng không; băng đĩa hình; sách, báo và tạp chí; thuốc lá và xì gà. Những cải cách của hệ thống thương mại quốc tế do việc gia nhập WTO đã đóng góp cho sự tăng lên của xuất nhập khẩu vào năm 2007. Tổng kim ngạch xuất nhập khẩu hàng hóa đã đạt 111,2 tỷ USD, tăng 31% so với năm trước (năm 2006 tăng 22,4%), trong đó kim ngạch nhập khẩu tăng 39,6%, xuất khẩu tăng 21,9% (năm 2006 tương ứng là 22,1% và 22,7%). Thâm hụt cán cân thương mại là 14,1 tỷ USD, xấp xỉ 2,8 lần mức thâm hụt năm 2006 (5 tỷ USD), chiếm 29% tổng kim ngạch xuất khẩu (năm 2006 là 12,7%). Mức thâm hụt thương mại cao là một vấn đề của hệ thống thương mại quốc tế và cũng là vấn đề mà Chính phủ đang phải đối mặt.

Đầu năm 2007, Chính phủ đã ban hành Nghị quyết số 16/2007/NQ-CP đề ra chương trình hành động nhằm phát triển kinh tế nhanh và bền vững sau khi Việt Nam trở thành thành viên của WTO. Nghị quyết yêu cầu các bộ ngành và ủy ban nhân dân (UBND) tỉnh xây dựng và báo cáo chương trình hành động của bộ ngành, UBND mình với Bộ Thương mại. Hầu hết các tỉnh đã xây dựng chương trình hành động riêng nhưng nhiều tỉnh đã trình lên Bộ Thương mại chậm hơn so với quy định. Để tăng cường đổi mới và nâng cao hiệu lực, hiệu quả của bộ máy nhà nước, Quốc hội đã quyết định giảm số bộ và cơ quan ngang bộ từ 26 xuống còn 22.

Việc thực hiện các cam kết gia nhập WTO và các nhiệm vụ được Chính phủ giao đã đặt ra khối lượng công việc khá lớn cho các cơ quan Chính phủ. Mặc dù vậy, các cơ quan Chính phủ đã có những nỗ lực vượt bậc để đáp ứng các yêu cầu mới và thực hiện các nhiệm vụ có liên quan đến WTO. Nhìn chung, chính quyền địa phương đã phản ứng chậm hơn so với cấp trung ương đối với những thay đổi thể chế do việc gia nhập WTO.

Việt Nam đã thực hiện nghiêm túc các cam kết với WTO và giảm thuế suất thuế nhập khẩu. Năm 2007, Chính phủ đã điều chỉnh thuế suất thuế nhập khẩu cho 26 nhóm hàng, bao gồm 1.812 dòng hàng, chiếm 17% danh sách thuế đã cam kết. Thuế nhập khẩu hàng dệt may đã giảm mạnh nhất (từ 37,3% to 13,7%). Trên thực tế, bên cạnh việc tuân thủ các cam kết bắt buộc, Chính phủ đã cắt giảm thuế đối với một số mặt hàng nhiều hơn mức cam kết để đảm bảo sự hài hòa giữa các dòng thuế trong một nhóm hàng hóa, đảm bảo mối quan hệ hợp lý giữa thuế xuất thuế của thành phẩm, linh kiện và đơn giản hóa các mức thuế suất trong nhập khẩu.

Chính phủ đã áp dụng các giải pháp để bù đắp những tổn thất do quá trình tự do hóa thương mại như: Xóa bỏ những ưu đãi về thuế; thúc đẩy xuất khẩu và tạo điều kiện thuận lợi cho nhập khẩu; tăng cường cải cách hành chính nói chung và thủ tục thu thuế; mở rộng diện thuế; nỗ lực ngăn chặn buôn lậu, gian lận thương mại, gian lận và trốn thuế; tăng cường theo dõi, kiểm tra và thanh tra thuế; quản lý và xử lý tốt hơn nợ thuế; thực hiện Luật Quản lý Thuế từ 01/07/2007...

Nhờ thực hiện những giải pháp trên, sự tăng trưởng kinh tế cao và tăng mạnh xuất nhập khẩu, thu ngân sách nhà nước tăng khoảng 16% (theo giá hiện hành) so với năm 2006. Thu cân đối xuất nhập khẩu tăng trên 39% so với năm 2006 mặc dù Việt Nam đã hạ thuế xuất thuế nhập khẩu từ 17,4% tới 14,5% theo cam kết với WTO.

Cơ cấu thu ngân sách đã có sự chuyển dịch tích cực. Tổng thu ngân sách đã phụ thuộc ít hơn vào dầu thô và nhiều hơn vào hoạt động xuất nhập khẩu và khu vực kinh tế trong nước. Tỷ trọng thu nội địa trong tổng thu ngân sách, từ dầu thô, tăng từ 52% vào năm 2006 lên khoảng 55% vào năm 2007 (bình quân giai đoạn 2001-2005 là 52,4%), tỷ trọng thu cân đối từ hoạt động xuất nhập khẩu tăng từ 16,2% lên khoảng 20% (bình quân giai đoạn 2001-2005 là 20,3%), nhờ đó đã bù đắp được sự giảm sút về tỷ trọng thu từ dầu thô (30,3% xuống khoảng 24%, bình quân thời kỳ 2001-2005 là 25,7%).

Việt Nam đã tăng cường cải cách hành chính để đáp ứng các yêu cầu của WTO và tận dụng những lợi thế của hội nhập. Ngày 10/01/2007, Thủ tướng đã ban hành Quyết định 30/QĐ-TTg về kế hoạch tổng thể đơn giản hóa thủ tục hành chính giai đoạn 2007-2010. Những những nỗ lực đó, hiệu quả của các cơ quan chính phủ có liên quan nhìn chung đã được cải thiện sau khi Việt Nam gia nhập WTO. Cải cách hành chính đã có những chuyển biến tích cực, nhất là trong các lĩnh vực như xuất nhập khẩu, thành lập và điều hành doanh nghiệp, thanh toán thuế v.v...

Hải quan Việt Nam đã đẩy mạnh cải cách và hiện đại hóa hệ thống quản lý hải quan. Các cơ quan hải quan đã chủ động đơn giản hóa và công khai hóa các thủ tục hành chính, lệ phí cũng như xử lý công việc nhanh chóng hơn, cung cấp dịch vụ tốt hơn, tạo điều kiện thuận lợi hơn cho các hoạt động xuất nhập khẩu.

Nhờ những nỗ lực của các cơ quan hải quan, thời gian xuất nhập khẩu cũng như chi phí xuất nhập khẩu đã giảm đáng kể. Tỷ lệ kiểm tra hàng hóa giảm từ 100% năm 2000 tới 20% đối với hàng xuất khẩu và 30% đối với hàng nhập khẩu vào năm 2007. Bên cạnh đó, số tài liệu doanh nghiệp phải nộp cơ quan hải quan đã giảm đáng kể từ 7-8 xuống 4 tài liệu vào năm 2007. Đối với hàng xuất khẩu, doanh nghiệp chỉ phải nộp hóa đơn thương mại và tờ khai hải quan, giảm nhiều so với 6 tài liệu trước đây. Thời gian thông quan cho một lô hàng xuất hay nhập khẩu, tính từ khi trình tờ khai hải quan đến khi đóng dấu hoàn thành các thủ tục hải quan, cũng giảm rõ rệt. Theo đó, đối với các lô hàng xuất khẩu được kê khai hợp pháp, thời gian thông quan trung bình tối thiểu khoảng 5-10 phút, tối đa 40-60 phút. Trong khi có đối với các lô hàng nhập khẩu được kê khai hợp pháp, thời gian thông quan trung bình tối thiểu khoảng 5-10 phút, tối đa là 120-150 phút.

Tuy nhiên, các doanh nghiệp Việt Nam vẫn phải tiêu tốn nhiều thời gian và chi phí cho xuất khẩu hơn các đồng nghiệp tại các khu vực khác như Trung Quốc, Malaysia và Singapore. Nếu vấn đề này không được giải quyết, khả năng cạnh tranh của Việt Nam sẽ bị suy giảm khi mà tăng trưởng kinh tế chủ yếu dựa trên sự phát triển của các khu vực định hướng xuất khẩu.

Sự cải thiện trong hiệu quả của các cơ quan liên quan đến khởi sự và điều hành một doanh nghiệp đã góp phần tạo điều kiện thuận lợi hơn cho kinh doanh. Vào tháng 2 năm 2007, Bộ Kế hoạch và Đầu tư, Bộ Tài chính và Bộ Công an đã thông qua một Thông tư liên tịch về cơ chế phối hợp giữa các cơ quan này trong việc giải quyết 3 thủ tục về đăng ký kinh doanh, mã số thuế và khắc dấu theo nguyên tắc "một cửa" liên thông để rút ngắn thời gian thực hiện. Vào tháng 6 năm 2007, Thủ tướng đã ban hành Quyết định số 93/2007/QĐ-TTg ban hành Quy định về thực hiện cơ chế "một cửa" và "một cửa liên thông" tại cơ quan hành chính nhà nước cấp địa phương.

Thời gian để khởi sự doanh nghiệp cũng đã giảm đáng kể. Thời gian để nhận được một giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh rút ngắn xuống ít hơn 10 ngày tại hầu hết các tỉnh, thành phố trong năm 2007, thậm chí 3-4 ngày tại nhiều tỉnh. Với điều kiện đăng ký kinh doanh thuận lợi hơn, các doanh nghiệp đăng ký mới đã tăng 26% về số lượng và 230% về vốn so với năm 2006. Thời gian để xử lý 3 thủ tục đã giảm từ hơn 30 ngày xuống còn 15 ngày đối với việc thành lập doanh nghiệp. Số lần phải đến cơ quan hành chính để tiến hành các thủ tục này giảm từ 8 xuống 4 lần.

Tuy đạt được những kết quả nêu trên, Việt Nam vẫn cần tiếp tục hoàn thiện thể chế và đẩy mạnh cải cách thủ tục hành chính để thúc đẩy sự phát triển của doanh nghiệp và phát huy những thuận lợi có được nhờ việc trở thành thành viên của WTO.

Các cơ quan thuế vụ đã tích cực rà soát, sửa đổi các thủ tục hành chính để đảm bảo sự đơn giản, rõ ràng và minh bạch hơn. Thời gian cấp mã số thuế đã giảm từ 30 ngày xuống còn 8 ngày nhờ vào một quy chế phối hợp giữa cơ quan thuế và cơ quan hải quan. Thủ tục kê khai, nộp thuế và các thủ tục hành chính thuế khác đã được hoàn thiện để ngày càng đơn giản hơn cho người nộp thuế. Các cơ quan thuế đã giảm 3 loại văn bản trong thủ tục mua hóa đơn lần 1 và lần 2. Cơ chế "một cửa" cũng đã được các cơ quan thuế thực hiện nhằm giải quyết tốt hơn các thủ tục hành chính cho người nộp thuế.

Tuy nhiên, cải cách hành chính thuế vẫn cần được đẩy mạnh trong thời gian tới. Báo cáo môi trường kinh doanh năm 2008 chỉ ra rằng các doanh nhân Việt Nam vẫn nằm trong số những nhóm phải dành nhiều thời gian nhất để hoàn thành nghĩa vụ thuế. Trung bình họ phải dành 1050 giờ, tương đương 130 ngày nhân công để hoàn thành các thủ tục liên quan đến thanh toán thuế. Báo cáo cũng chỉ ra rằng các doanh nghiệp phải thực hiện trung bình 32 thanh toán và chi 41,6% tổng lợi nhuận vào thuế mỗi năm. Mặc dù báo cáo này không ghi nhận đầy đủ những tiến bộ trong cải cách hành chính thuế nêu trên, những số liệu này nói lên rằng Việt Nam nên tìm cách để làm cho việc thanh toán thuế thuận tiện hơn cho các doanh nghiệp.

Từ khi Luật Sở hữu Trí tuệ của Việt Nam có hiệu lực vào tháng 6 năm 2006 và khi Việt Nam trở thành thành viên của WTO, phương thức quản lý sở hữu trí tuệ đã có nhiều tiến bộ. Việt Nam cũng đã thành lập một bộ phận theo dõi việc thực thi sở hữu trí tuệ trong lực lượng cảnh sát kinh tế và thành lập một Vụ Quản lý Cạnh tranh trực thuộc Bộ Thương mại (nay là Bộ Công thương). Số lượng đơn đăng ký bảo vệ sở hữu trí tuệ đã tăng lên đáng kể. Hơn 30.000 đơn đã được nộp tại Cục Sở hữu Trí tuệ Quốc gia trong năm 2007, tăng 30% so với năm trước. Các nhãn hiệu nổi tiếng quốc tế đều được thừa nhận tại Việt Nam và được bảo vệ về pháp lý như các nhãn hiệu đã được đăng ký ngay cả khi chủ sở hữu chưa nộp đơn xin bảo vệ sở hữu trí tuệ.

Mặc dù hệ thống bảo vệ sở hữu trí tuệ đã từng bước được hoàn thiện, nhiều khó khăn vẫn tồn tại, nhất là do vấn đề về hiệu quả thực thi luật hơn là vấn đề về thiếu các quy định pháp luật. Vấn đề này một phần cũng là do sự thiếu kinh nghiệm của các cơ quan thực thi. Hiện nay, Việt Nam vẫn có khoảng 90% vụ tranh chấp về sở hữu trí tuệ được xử lý bởi các cơ quan hành chính, trong khi đó ở các nước phát triển 90% các vụ tranh chấp về sở hữu trí tuệ được xét xử bởi toà án. Trên thực tế, năng lực của tòa án Việt Nam trong việc xét xử các vụ vi phạm quyền sở hữu trí tuệ vẫn đang là một trở ngại rất lớn.

Qua những phát hiện và đánh giá nêu trên, nhóm nghiên cứu có một số khuyến nghị như sau:

- Trong bối cảnh hội nhập ngày càng sâu hơn sau khi gia nhập WTO, Chính phủ nên xem xét lại kế hoạch cổ phần hóa cũng như đưa ra các giải pháp chính sách để nâng cao hiệu quả cổ phẩn hóa doanh nghiệp nhà nước.

- Thâm hụt cán cân thương mại cao trong năm 2007 một phần là do tác động của việc gia nhập WTO. Để xử lý vấn đề này, Chính phủ nên tiếp tục cải cách hệ thống thương mại quốc tế đồng thời với việc sắp xếp lại hệ thống thương mại nội địa và tăng cường khả năng cạnh tranh của các doanh nghiệp trong nước, nhất là các DNNN.

- Các chính quyền địa phương cần có sự hỗ trợ nhiều hơn từ Chính phủ để chủ động đối phó với những tác động không mong muốn của việc gia nhập WTO. Chính phủ cũng nên hỗ trợ, thúc đẩy các chính quyền địa phương triển khai thực hiện tốt chương trình hành động sau khi gia nhập WTO. 

- Những kết quả về thu ngân sách nhà nước năm 2007 có được là nhờ những nguyên nhân chủ quan và khách quan khác nhau. Do vậy, Chính phủ vẫn cần thận trọng trước những biến động bất thường trong bối cảnh hội nhập sau khi trở thành thành viên của WTO có thể gây tác động đến thu ngân sách. Hơn nữa, hệ thống thu thuế cần đẩy mạnh cải cách để đóng góp nhiều hơn vào sự ổn định và phát triển ngân sách nhà nước trong thời gian tới.

- Chính phủ nên tiếp tục cải cách hành chính một cách mạnh mẽ, nhất là trong các lĩnh vực hải quan, thuế, khởi sự và điều hành sản xuất, kinh doanh của doanh nghiệp... Điều này sẽ giúp các doanh nghiệp Việt Nam nâng cao khả năng cạnh tranh và tận dung tốt các điều kiện thuận lợi của quá trình gia nhập WTO.